LinuxParty

En MS-DOS, como en UNIX, como en VMS, las aplicaciones se instalaban en un directorio, en el que uno colocaba todos los ejecutables, librerías, archivos de configuración, ficheros de datos, etc. que necesitara el programa para su funcionamiento. Esta metodología era bastante limpia porque permitía tener todo lo necesario en un único lugar del disco. MS-DOS era monousuario y monotarea, es decir, no había más que un usuario en el sistema. (más bien el concepto de usuario no existía) y sólo podía ejecutar una aplicación en cada momento. Por tanto sólo había una configración posible, y bastaba con guardar la configuración en un archivo dentro del mismo directorio del programa. Si además la aplicación generaba documentos, como sucede por ejemplo con un procesador de texto, éstos podían guardarse en el mismo directorio también o, mejor, en otro diferente, lo que facilitaba la realización de copias de seguridad.

UNIX (antepasado de linux, por decirlo rápido aunque mal) fue desde el principio un sistema multiusuario y multitarea, de modo que tenía que resolver el problema de cómo guardar la configuración personal de cada usuario para cada programa. Para eso se ideó un tipo especial de archivo, cuyos nombres comenzaban por punto (.) que no aparecía por defecto al mirar los contenidos de un directorio; además cada usuario tenía (tiene) un directorio personal donde guardar sus archivos, incluídos los de configuración. Fuente y continúa:
http://librodenotas.com/computacion/11993/el-error-historico-de-microsoft