Suspender

El método más simple es suspenderlo desde la terminal usando la combinación de teclas CTRL+Z .

O puede obtener el PID con "pgrep ffmpeg" luego usarlo "kill -s SIGSTOP <PID>para suspender."

Luego para reanudar con el comando fg 

O kill -s SIGCONT <PID>.

Desafortunadamente, esto no sobrevivirá a un reinicio.

máquina virtual

Si usa una máquina virtual, con algo como VirtualBox, podría realizar su codificación en una VM invitada. Le permitirá "guardar el estado de la máquina" en cualquier momento que pueda sobrevivir a un reinicio. También puede permitirle asignar recursos de CPU máximos para el invitado para que su host siempre tenga recursos disponibles.

Posiblemente una exageración, pero si está familiarizado con las máquinas virtuales o ya usa una, es una posible solución.