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Hay para Linux un comando de consola llamado "diff" que nos permite ver los cambios realizados entre dos versiones de un archivo; también tenemos un comando llamado "merge" que sirve para combinar cambios. Existen varios programas con interfaz gráfica con el mismo propósito. Uno de estos programas, y para mi el preferido es meld.

Meld nos muestra gráficamente las diferencias entre dos archivos o también, entre todos los archivos de dos directorios utilizando distintos colores, y nos permite editar estos archivos desde el propio programa, actualizando dinámicamente las diferencias. El programa incluye filtros y distintas ayudas para hacer la edición más sencilla, como flechas al lado de los cambios para aplicar algún cambio en el otro fichero con un simple clic. Además meld se puede utilizar como un sencillo cliente de control de versiones para CVS, como si fuera "salvando las diferencias" Subversion, Bazaar y otros. Para instalarlo en Debian y similares basados en Debian como Ubuntu:

Por supuesto, estara en vuestros repositorios.

apt-cache search meld (y estando presente)
apt-get install meld

Para Fedora, Centos y RedHat:

yum search meld (estando presente)
yum install meld

Si tienes una distro diferente a las mencionadas, visita el sitio:

http://meldmerge.org/

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