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Hay veces, que toca reparar un sistema de archivos Linux, lo suyo, es que cogieras un DVD de recuperación, un pendrive USB y a copiar.... O bien montaras por SAMBA en algún servidor y copiaras allí, todo lo que tuvieras que copiar, y luego procederías a hacer...

1º.- Compruebas las particiones... bien escribes cat /etc/fstab y ves las particiones y discos que usa el sistema...

[javier@portatil-asus ~]$ cat /etc/fstab 

#
# /etc/fstab
# Created by anaconda on Fri Nov  2 20:54:11 2012
#
# Accessible filesystems, by reference, are maintained under '/dev/disk'
# See man pages fstab(5), findfs(8), mount(8) and/or blkid(8) for more info
#
UUID=c56a897e-e5a7-4a13-9b62-40b6994b4faf /                       ext4    defaults        1 1
UUID=ef0a8283-74ed-4908-9494-4a11aff355f8 /boot                   ext4    defaults        1 2
UUID=0dd9013c-6493-4d78-b3cc-82b207341df6 /home                   ext4    defaults        1 2
UUID=c76051f5-a1b3-40df-96ad-7a1b100f22f8 swap                    swap    defaults        0 0
[javier@portatil-asus ~]$ 

También (como root) puedes listar las particiones de un disco usando fdisk -l /dev/nombre_del_disco...

[root@portatil-asus ~]# fdisk -l /dev/sda

Disk /dev/sda: 750.2 GB, 750156374016 bytes
255 heads, 63 sectors/track, 91201 cylinders, 1465149168 sectores en total
Units = sectors of 1 * 512 = 512 bytes
Sector size (logical/physical): 512 bytes / 4096 bytes
I/O size (minimum/optimal): 4096 bytes / 4096 bytes
Identificador del disco: 0xe3102a4b

Disposit. Inicio    Comienzo      Fin      Bloques  Id  Sistema
/dev/sda1            2048    52430847    26214400   1c  Hidden W95 FAT32 (LBA)
/dev/sda2   *    52430848   700848127   324208640    7  HPFS/NTFS/exFAT
/dev/sda3       700848128   701872127      512000   83  Linux
/dev/sda4       701872128  1465149167   381638520    5  Extendida
/dev/sda5       701874176   806731775    52428800   83  Linux
/dev/sda6       806733824   816990207     5128192   82  Linux swap / Solaris
/dev/sda7       816992256  1465147391   324077568   83  Linux
[root@portatil-asus ~]# 

O bien... Escribes df -h y te haces mejor idea... (que yo prefiero)

[javier@portatil-asus ~]$ df -h
S.ficheros     Tamaño Usados  Disp Uso% Montado en
rootfs            50G    27G   21G  57% /
devtmpfs         2,0G      0  2,0G   0% /dev
tmpfs            2,0G   3,6M  2,0G   1% /dev/shm
tmpfs            2,0G   1,3M  2,0G   1% /run
/dev/sda5         50G    27G   21G  57% /
tmpfs            2,0G      0  2,0G   0% /sys/fs/cgroup
tmpfs            2,0G      0  2,0G   0% /media
/dev/sda7        305G    39G  251G  14% /home
/dev/sda3        485M    90M  370M  20% /boot
[javier@portatil-asus ~]$ 

Pongamos, que la partición a reparar es /dev/sda5 (es decir, la jodia, donde está /usr, /boot, las bibliotecas del sistema... /lib, etc...)

2º.- Pues escribes fsck -p /dev/sda5

(Y si no tienes graves problemas de Hardware, errores que no se puedan solucionar por software, te quedará el sistema, perfecto)

Hay opciones adicionales, que tal vez deberías conocer... escribe fsck --help

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