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CodeQuery es una herramienta de indexación del código fuente, para hacer consultas o búsquedas de C, C++, Java y Python. Se basa en las bases de datos de cscope y ctags, que son procesados por la herramienta cqmakedb para generar un archivo de base de datos de CodeQuery. Puede ser visto y consultado con una herramienta GUI. Las características incluyen la finalización automática de términos de búsquedas y visualización de gráficos de las llamadas de función y herencia de clases. Pueden hacerse las siguientes consultas: símbolo, función o macro, clase o estructura, las funciones de llamada, la clase que posee el miembro o método, miembros y métodos de la clase, los padres de la clase (herencia), los childs de la clase (herencia), archivos incluyendo el archivo "this" y ruta de acceso completa para el archivo de funciones.

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