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En Linux y otros UNIX como sistemas operativos que ofrecen permisos fuertes a archivos y concepto de POSIX ACL (Access Control List) obligan a la computadora usada, separar los accesos a los archivos según el privilegio. (sigue...)
Sin embargo, ningunos de ellos ofrece una contraseña proteger archivos. Este artículo explica el cifrado del gpg de GNU el uso del howto (protector de la aislamiento del GNU) y comandos de firma de la propia herramienta, openssl o mcrypt para cifrar o de descifrar archivos con una contraseña con software criptográfico de código abierto.
Interesante artículo y recomendada lectura, aquí.
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