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Algunas veces los fallos producen que todos los permisos se cambien, y necesitan ser restaurados. Por ejemplo un shell script o alguna otra corrupción podría cambiar los permisos de los paquetes (ficheros instalados), podría ser necesariamente reajustarlos. Por ejemplo, hace bastante tiempo, un shell script que inicié me cambió los permisos de /usr. Afortunadamente rpm puede reniciar los permisos de los paquetes. pkg de Sun Solaris e IBM también puede reiniciarlos.

https://www.cyberciti.biz/tips/reset-rhel-centos-fedora-package-file-permission.html