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WinUSB es una herramienta para Linux que te permite utilizar un pendrive como fuente de instalación de Windows, tan sólo con unos pocos clics. La aplicación es compatible con Windows 7 y Vista y puede utilizar un ISO o un DVD como fuente.
Antes, era posible hacerlo usando Unetbootin. Por alguna razón, esto ya no es posible en las últimas versiones del programa. No obstante, gracias a WinUSB, ¡este proceso es mucho más fácil!

WinUSB viene con una interfaz gráfica de usuario y una herramienta de línea de comandos. En mis pruebas, pude iniciar correctamente el Windows Seven USB stick creado con WinUSB (desde Ubuntu 11.10).

Instalación

WinUSB se encuentra disponible en un PPA para los usuarios de Ubuntu.

sudo add-apt-repository ppa:colingille/freshlight
sudo apt-get update
sudo apt-get install winusb

Los usuarios de Arch, pueden descargar este programa desde AUR.

El resto, puede descargar el código fuente desde la página oficial del proyecto.

Desde el terminal

Aquellos que prefieran usar el programa desde el terminal pueden hacerlo de la siguiente manera:

- Para dar formato a un disco completo e instalar el ISO:

sudo winusb --format ruta_iso dispositivo

- Para instalar un ISO de Windows 7 / Vista en una partición NTFS y editar el MBR del dispositivo:

sudo winusb --install ruta_iso partición

Fuente: WinUSB & WebUpd8 y UsemosLinux