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Aunque yo no soy partidario de usar Ubuntu como servidor, para eso mejor usar RedHat/CentOS o Debian, pero bueno, allá aquellos que se atrevan a hacerlo en Ubuntu... El artículo.: FTP es un protocolo muy inseguro, porque todas las contraseñas y todos los datos se transfieren en texto claro. Mediante el uso de TLS, toda la comunicación se puede cifrar, lo que hace FTP mucho más seguro. En este artículo se explica cómo configurar proftpd con TLS en un servidor de Ubuntu 11.04. (vamos, ya sabes que lo puedes hacer con cualquier otra distro) FTP is a very insecure protocol because all passwords and all data are transferred in clear text. By using TLS, the whole communication can be encrypted, thus making FTP much more secure. This article explains how to set up ProFTPd with TLS on an Ubuntu 11.04 server.

http://www.howtoforge.com/setting-up-proftpd-tls-on-ubuntu-11.04-natty-narwhal